Pena Nieto kết hôn với Monica Pretelini năm 1993 và có ba người con. Ba năm sau, khi bà Monica qua đời vì bệnh tim, Pena Nieto tái hôn với nữ nghệ sĩ điện ảnh Angelica Rivera, người từng sắm vai chính trong phim truyền hình nhiều tập mang tên Chim hải âu, vai diễn Isabella de Peñalvert trong Đơn giản, tôi là Maria... được công chúng trong và ngoài nước rất mến mộ và trên thực tế điều này đã đóng vai trò quan trọng trong chiến dịch tranh cử tổng thống vừa qua của Peña Nieto.